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中立性

一方で日本も特定宗教の禁止や比叡山などの焼き討ちも有りましたが、
これは上述の宗教に拠る収奪、

民衆迫害が本筋の理由であって同時期の同じ宗教でも収奪さえしなければ守られて来たケースも有りますよね?
そもそも政教分離とは、国家による宗教的中立性ないしは非宗教性(両者は似たような意味ですがニュアンスが若干異なります)を意味します。その趣旨は、ハーレー売却(特に少数者の)信教の自由の保障を強化する点にあります。戦前戦中においては国家神道が強要されたことでキリスト教や大本教などは弾圧を受けました。
宗教弾圧の歴史は日本とヨーロッパとで異なる部分はあるものの、日本においても政教分離が必要であることに変わりはありません。
(なお、比叡山焼き討ちや一向一揆など前近代の出来事が、現行憲法の政教分離規定の起草過程において考慮されたという話は聞いたことはありませんし、現在でも比叡山焼き討ちなどとからめた政教分離の議論は聞いたことがありません。)カーサー草案では「国家の宗教教育と宗教活動の禁止」だけなんですが・・・